Kruženje fosfora u zemljištu je veoma značajan mikrobiološki proces. Zna se da fosfora u zemljištu ima u proseku oko 0,15 %.Najveći deo se u zemljištu nalazi u obliku neorganskih jedinjenja,a ostatak je u organskim jedinjenjima.Tu spadaju nukleinska kiseline,fosfolipidi i dr.Njiegova pristupačnost za biljke najvećim delom zavisi od pH vrednosti koga ima zemljište.Biljke ga usvajaju iz zemljinog rastvora u obliku jona ortofosforne kiseline i H2PO4 i HPO4 jona.Koji jon će biti usvojen prvenstveno zavisi od pH vrednosti zemljišta.Najveći deo fosfora u zemljištu potiče iz stena i minerala matične stene od kojih je zemljište nastalo,kao i iz organskih jedinjenja.Obzirom da se fosfor u zemljištu nalazi u obliku različitie rastvorljivosti veoma je bitan koeficijenat njegove pristupačnosti za biljke,kao i njegovo vraćanje u zemljište preko organske materije.Ove procese u najvećem delu regulišu zemljišne bakterije. Od ukupne količine koja se organskim putem vraća i redukuje najveći deo se vraća odumiranjem bakterija.One od ukupne težine svog tela imaju oko 30 % fosfora.Taj proces se naziva fosfofikacija, gde nastaju jedinjenja za ishranu biljaka.
Fosfomobilizacija je drugi značajan proces. Ovim se nerastvorivi terciarni fosfati dovode u pristupačno stanje preko kiselina: limunske, sirćetne, ugljene i dr. U ovu grupu spada i oslobađanje fosfora od alumosilikata. Alumosilikata u zemljištu ima oko 62 % od ukupne težine zemljišta (to je neiscrpna materija). Bakterije iz roda Bacilus i Pseudomonas , podstiču mineralizaciju alumosilikata, gde mobilišu pristupačne anjone u ćelijsku protoplazmu. U ovom procesu u kome bakterije iz alumosilikata usvajaju kalcijum i transformišu ga u trikalcijum fosfate kao primarne i sekundarne fosfate, a koji su pristupačni za biljke. Isto tako kad se iz kristalne rešetke alumosilikata izdvoje silicijevi joni, koji u organizmu bakterija posle odumiranja bakterija transformišu u fosforne jone, koji su pristupačni za biljke.
Defosfofikacija je mikrobiološki proces redukcije fosfata do gasovitog preko fosfina (H3P) u anaerobnim uslovima. Slično denitrifikaciji azota.